L'astronomie libre sous Linux : le point fin 2012, début 2013

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68
2
jan.
2013
Science

L'astronomie est un passe-temps vraiment sympathique qui permet de relativiser pas mal et de réfléchir sur notre place dans l'univers. Elle contient un côté poétique intéressant et pourtant, quand on veut commencer à se faire plaisir en prenant des photos d'objets aux dimensions difficilement compréhensibles, on peut se fait peur avec la pauvre logithèque linuxienne. Ceci est la première impression, fausse et c'est l'heure de faire un point et de motiver les utilisateurs.

L'hiver est la saison préférée des astronomes amateurs : si on plie à 22h, on a eu 4 h de nuit. Les nuits de janvier et février sont souvent très claires car très froides !

Un peu de lune, chaîne d'acquisition et traitement 100% Linux

Quelques applications scientifiques sur Android

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22
1
jan.
2013
Science

L'avantage des smartphones et tablettes, c'est que l'on peut les avoir sur soi, encore plus que les netbooks. Ci-dessous quelques exemples d'applications en rapport avec les sciences.

Ces applications sont disponibles sur le dépôt f-droid, car elles sont libres.

Scilab version 5.4.0

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30
15
oct.
2012
Science

Le 1er octobre 2012, la version 5.4.0 de Scilab a été publiée.

Scilab est un logiciel libre et open source de calcul numérique. D’après Wikipédia : « Scilab (prononciation : [sajlab] contraction de Scientific Laboratory en anglais) est un logiciel libre de calcul numérique multi‐plate‐forme fournissant un environnement de calcul pour des applications scientifiques. Il possède un langage de programmation orienté calcul numérique de haut niveau. Il peut être utilisé pour le traitement du signal, l’analyse statistique, le traitement d’images, les simulations de dynamique des fluides, l’optimisation numérique, et la modélisation et simulation de systèmes dynamiques explicites et implicites.
Il est disponible pour Windows, Mac OS X, GNU/Linux et BSD. »

La version 5.4.0 est une évolution majeure de Scilab, à la fois d’un point de vue technique et fonctionnel, mais aussi parce qu’elle a été développée et publiée — pour la première fois — par une société privée, issue de l’Inria et du Consortium Scilab, Scilab Enterprises.

Tulip 4.0 est sorti

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20
9
oct.
2012
Science

Tulip est un environnement de visualisation d’informations dédié à l’analyse et à la visualisation de données relationnelles. Tulip fournit aux développeurs une bibliothèque complète, prenant en charge la conception d’applications de visualisation interactive de données relationnelles qui peut être taillée pour les problèmes qu’il ou elle adresse.

Après un an de développement, plus de 2 000 commits, environ 300 bogues et demandes de fonctionnalités fermés, deux versions candidates et énormément de retours des utilisateurs, nous sommes fiers de vous présenter Tulip 4. Ceci est la première de la nouvelle lignée 4.x, qui apporte une nouvelle interface graphique, beaucoup d’améliorations de vitesse et de stabilité, ainsi qu’un gros ravalement de l’API et de sa documentation.

La suite de cette dépêche contient la traduction de la dépêche officielle, qui se lit comme un guide d’introduction à la nouvelle interface utilisateur de Tulip.

Actualités des systèmes d’information géographique

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31
11
sept.
2012
Science

Quelques nouvelles du monde des systèmes d’information géographique (SIG), qui, d’après le Wikipédia francophone « est un système d’information permettant de créer, d’organiser et de présenter des données alphanumériques spatialement référencées, autrement dit, géoréférencées, ainsi que de produire des plans et des cartes ».

Retrouvez dans la seconde partie de la dépêche les annonces des nouvelles versions (Geotools, OSGeo-Live, Mapnik, PostGIS), les services (OpenWeatherMap, OpenSeaMap), les événements (pas de FOSS4G2012, OGRS2012) et les avancées de l’été côté code.

La taupe a le look Coco !

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24
6
sept.
2012
Science

La dernière mouture d’OpenMOLE, répondant au doux nom de code Crazy Coconut (version 0.6), est arrivée. Grâce à un mode de développement AGILE, nous vous livrons en effet tous les deux mois les primeurs de la plus célèbre des plates‐formes TAUPE.

Pour rappel OpenMOLE (Open MOdeL Experiment), met à profit les environnements de calcul intensif pour l’expérimentation sur les modèles et permet aux modélisateurs de concevoir des workflows d’étude pour des modèles de simulation. Pour ce faire, l’utilisateur embarque son modèle (en Java / Scala / C / C++ / Fortran / Scilab / GNU Octave / NetLogo…) dans la plate‐forme, puis il conçoit l’étude qu’il souhaite en faire et spécifie l’environnement de calcul auquel il souhaite déléguer la charge de travail.

logo crazy coconut

OpenMOLE : la taupe sort de son trou !

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51
21
juin
2012
Science

Nous sommes heureux et fiers de vous faire part de la sortie de la version 0.5 d'OpenMOLE (Open MOdeL Experiment).

OpenMOLE est un logiciel pour le calcul scientifique et intensif ! Développé au sein de l'Institut des Systèmes Complexes (Paris), OpenMOLE est le fruit de quatre années de maturation et de confrontation aux problèmes de modélisations de chercheurs issus de nombreux domaines scientifiques (Sciences Humaines, Biologie, Physique, Géographie, Agro-alimentaire…). Il est 100% libre, 100% écrit en Scala.

Il est destiné aux modélisateurs réalisant de vastes explorations sur leurs modèles. Il permet à la fois de générer automatiquement de larges plans d'expériences (plans complets, LHS, Saltelli …) et d'exploiter la puissance d’environnement de calcul massivement parallèle type cluster ou grille de calcul. Le formalisme de workflow permet d'exprimer naturellement des traitements à accomplir en parallèle.

OpenMOLE ne requiert aucune connaissance en informatique distribuée de la part des modélisateurs. Il leur permet pourtant de réduire le temps d’exécution de leurs codes de quelques années à quelques heures.

Titre de l'image

Sortie d'OpenTURNS 1.0

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21
19
avr.
2012
Science

OpenTURNS est une bibliothèque C++ libre dédiée aux statistiques et à la fiabilité, utilisable en langage Python et distribuée dans Debian.

Avec la version 1.0, elle propose la modélisation des processus stochastiques, et une meilleure compatibilité avec Python et le module Numpy.

Une petite démo en python pour voir ?

Avec ces quelques lignes je peux réaliser un lissage à noyaux sur un échantillon, réutiliser la distribution obtenue pour simuler une variable aléatoire X, que je donne à manger à une fonction réalisant un couplage pour obtenir une autre variable aléatoire Y, pour enfin évaluer la probabilité de défaillance P(Y>0.1) par un simple MonteCarlo.

from openturns import *
data = NumericalSample.ImportFromCSVFile("meteo.csv")
distribution = KernelSmoothing(Epanechnikov()).build(data)
X = RandomVector(distribution)
model = NumericalMathFunction("ageing")
Y = RandomVector(model, X)
algorithm = MonteCarlo(Event(Y, Greater(), 0.1))
algorithm.setMaximumOuterSampling(int(1e6))
algorithm.run()
print "P(Y>0.1)=", algorithm.getResult().getEventProbability()

Le libre accès et l'appel au boycott contre Elsevier

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69
24
jan.
2012
Science

La problématique de l'accès aux connaissances scientifiques est voisine des sujets liés au logiciel libre. Dans les deux cas le but est de supprimer des barrières purement artificielles afin de redonner du pouvoir aux utilisateurs.

Les chercheurs revendiquent le libre accès aux articles scientifiques et ils ne supportent plus la mainmise des éditeurs commerciaux qui verrouillent le marché et se comportent en parasites sans apporter de valeur ajoutée.

Le mathématicien Timothy Gowers, professeur à l'université de Cambridge, vient de lancer un appel officiel au boycott à l'encontre de l'éditeur Elsevier.

Est-ce un tournant dans ce combat crucial ?

La particule « boson de Higgs » en vue

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42
26
déc.
2011
Science

En physique des particules, le modèle standard décrit les différentes particules existantes et leurs interactions (forte, faible et électromagnétique). Wikipédia nous rappelle que :

  • la force électromagnétique s'exerce sur les particules de matière électriquement chargées ;
  • la force nucléaire faible concerne seulement certains quarks et leptons ;
  • la force forte s'exerce entre les quarks et assure la cohérence du noyau. Il existe des particules supports de ces forces et appelées bosons.

Le boson de Higgs est une particule hypothétique, sur laquelle repose la cohérence de ce modèle standard, et notamment le mécanisme de brisure de symétrie de l'interaction électrofaible.

Les plus ${adjectif} histoires en science pour 2011

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40
26
déc.
2011
Science

Alors, entre la poire et le fromage, au bord de la crise de foie, une idée farfelue a fait son chemin : écrire des histoires scientifiques de l'année :) Bon, étant en thèse de science, ceci explique cela et rend peut-être le fait moins grave. Les images sont de l'excellent site Street Art Utopia.

Tulip 4.0 alpha 1

Posté par . Édité par Nÿco, Benoît Sibaud et Xavier Claude. Modéré par Benoît Sibaud.
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15
6
déc.
2011
Science

Tulip 4.0 alpha 1 vient de sortir, apportant énormément de nouveautés plus instables qu'à l'accoutumée. Les seuls binaires produits sont pour Windows pour les versions alpha, les Linuxiens impatients peuvent bien sûr compiler à partir des sources.

Piqué sur le site web : Tulip is an information visualization framework dedicated to the analysis and visualization of relational data. Tulip aims to provide the developer with a complete library, supporting the design of interactive information visualization applications for relational data that can be tailored to the problems he or she is addressing.

Ce qui donne en français : Tulip est un framework de visualisation d'informations dédié à l'analyse et la visualisation de données relationnelles. Tulip fournit aux développeurs une bibliothèque complète, prenant en charge la conception d'application de visualisation interactive de données relationnelles qui peut être taillée pour les problèmes qu'il ou elle adresse.

Cette version remplace intégralement l'interface utilisateur vieillissante de Tulip par une interface simple et puissante, graphiquement inspirée de Qt Creator. La gestion de plug-ins installés a été complètement revue pour offrir une plus grande facilité d'utilisation et une bien plus grande visibilité. Une présentation en captures d'écran est disponible dans l'annonce officielle.

NdM : Tulip est sous licence LGPL.

Sortie de GraphStream 1.1

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35
19
nov.
2011
Science

L’équipe de développement de GraphStream a publié le 11 novembre 2011 la version 1.1 de sa bibliothèque de manipulation de graphes dynamiques. Cette nouvelle version corrige un grand nombre de bogues présents dans la 1.0 et détectés avec l’aide d’une communauté d’utilisateurs grandissante. Elle apporte aussi son lot de nouveautés, comme l’ajout de nouveaux formats d’entrée, afin de permettre une meilleure interopérabilité des outils de manipulation de graphes ou encore de nouvelles implantations de graphes plus performantes.

GraphStream est une bibliothèque Java développée sous double licence LGPL/CeCILL-C.

Prix Ig Nobel 2011

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44
30
sept.
2011
Science

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2011 ont été attribués le 29 septembre dernier. Rappelons qu’ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d’abord fait rire, puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

  • physiologie : l’absence de bâillement contagieux chez les tortues charbonnières à pattes rouges ;
  • chimie : l’utilisation du wasabi par voie aérienne comme alarme en cas d’urgence ;
  • psychologie : le soupir face à des problèmes apparemment insolubles ;
  • médecine : l’effet sur la prise de décision d’une envie pressante d’uriner ;
  • littérature : la théorie de la procrastination et comment éviter de travailler sur un sujet encore plus important ;
  • biologie : les rendez‐vous à caractère sexuel entre certains insectes et certaines bouteilles de bière australienne ;
  • physique : la désorientation comparée entre lanceurs de disques et de marteau ;
  • paix : la résolution du problème du stationnement illégal de véhicules de luxe par compression par véhicule blindé ;
  • sécurité publique : la conduite avec aveuglement intermittent ;
  • mathématiques : les prédictions de fin du monde et la prudence en calcul numérique.

BOINC, raid de septembre 2011 de l'Alliance Francophone

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25
13
sept.
2011
Science

Comme tous les ans l'Alliance Francophone organise un challenge sur la plateforme BOINC afin de regrouper et rassembler tous les francophones sur un projet unique.

BOINC, pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing est une plateforme libre de calcul distribué en grille ne cessant de croître et de devenir populaire.
Celle-ci permet à de nombreux scientifiques d’avoir accès à une puissance de calcul importante et cela gracieusement.

Stratégie Open-source à EDF R&D

31
30
juil.
2011
Science

J'ai rédigé via le wiki educalibre de l'April un compte-rendu d'une conférence EDF R&D du 7 juillet dernier « R&D industrielle d'expertise et open source : un avenir commun ? ». On m'a dit que c'était quasi la première fois qu'un industriel (dont le cœur de métier n'est pas l'informatique donc) affirmait ainsi les bénéfices qu'il tirait de l'Open-source. Je me dis que ça pourrait en intéresser quelques-uns, si jamais vous avez d'autres exemples du genre, ça m'intéresse, merci, bon été !

Sortie de Tulip 3.6.0

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23
13
juil.
2011
Science

Tulip, le logiciel de visualisation et d'édition de grands graphes, est disponible en version 3.6.0. La licence utilisée est la LGPL.

Cette version mineure apporte des correctifs et des améliorations d'ergonomie avant le grand saut vers la version 4.

Statistiques / fiabilité : sortie d’OpenTURNS 0.14.0

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22
22
juin
2011
Science

OpenTURNS est une bibliothèque libre dédiée aux statistiques et à la fiabilité, utilisable en langage Python et distribuée dans Debian.

Elle peut être considérée comme une alternative plus moderne au language R (des algorithmes très récents sont mis en œuvre pour le calcul de certains quantiles, par exemple), même si la partie « statistiques » n’est limitée qu’à une gestion de la partie « fiabilité », et orientée objet. Sur la partie purement statistique, on retrouve donc les outils classiques : estimation de distribution, corrélations, analyse de sensibilité, tests statistiques, estimation par noyau, … Mais en introduisant la notion originale de copules qui permettent de modéliser la dépendance.

Pour la partie fiabilité, là aussi, on retrouve des algorithmes classiques, propagation par carré latin, séquences quasi‐aléatoires, simulations directionnelles, FORM / SORM (First / Second Order Reliability Method), calcul de facteurs d’importance, des surfaces de réponses par chaos polynomial, … Cette fois‐ci, l’aspect novateur réside dans le fait que la bibliothèque fait le plus possible de calculs analytiques en imposant un modèle de données basé sur les distributions et non les échantillons, comme le font certains autres outils (NumPy, R).

Dans sa version 0.14.0, elle propose de nouvelles lois de distribution, une interface Python plus souple, une simplification du mécanisme de couplage à des codes externes, la différentiation automatique des formules analytiques, du multithreading et une infrastructure CMake.

Sortie de QGIS 1.7.0 « Wrocław »

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25
20
juin
2011
Science

Le projet Quantum GIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 1.7.0 de son logiciel de SIG libre ! L’engouement autour de cet outil ne cesse d’augmenter, ainsi la version précédente 1.6 a été téléchargée 190 000 fois.

Cette version est nommée d’après la ville de Wrocław en Pologne. C’est une manière de remercier le département de climatologie et de protection atmosphérique qui a accueilli notre rencontre de contributeurs en novembre 2010.

Pour rappel, un Système d’Information Géographique (SIG) permet d’éditer et de consulter un ensemble de données dans un espace de coordonnées. Cela va de la simple composition de cartes de randonnées, aux analyses de terrain avancées, telles que l’estimation de la durée d’ensoleillement d’une parcelle ou de l’interpolation d’un horizon géologique.

Petite actu des outils d’analyse numérique

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45
16
juin
2011
Science

Au pays des scientifiques (entreprises & labos), en plus de la « taxe Microsoft » (Windows + MS Office), s’ajoute souvent la « taxe MATLAB » (employé comme grosse calculatrice graphique programmable…). Pourtant, dans ce milieu, les geeks ne sont pas rares. Continuons à porter la bonne parole : il existe des alternatives très valables, à choisir selon ses priorités !

Petit tour des candidats et leurs mises à jour dans la seconde partie de la dépêche.

ScilabTEC 2011 — la journée des utilisateurs de Scilab, le 29 juin

Posté par (page perso) . Modéré par tuiu pol. Licence CC by-sa
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18
7
juin
2011
Science

Venez découvrir, apprendre et échanger sur les capacités du logiciel libre et gratuit de calcul numérique Scilab, le mercredi 29 juin de 9h30 à 17 h 15 à l’École Polytechnique (France, Essonne, Palaiseau).

ArcelorMittal, Sirehna et Valeo, qui ont répondu présents à ce rendez‐vous, expliqueront pourquoi ils utilisent Scilab, dans quel cadre et sur quelles applications.

Des ateliers techniques sur des thèmes plébiscités par les utilisateurs de Scilab seront animés par l’équipe R&D du Consortium Scilab.

Consultez le programme détaillé de la journée et inscrivez‐vous gratuitement en ligne >>.

Sortie de GraphStream  1.0

Posté par . Modéré par Nÿco. Licence CC by-sa
30
25
mai
2011
Science

GraphStream, la bibliothèque logicielle en Java de manipulation de graphes dynamiques, est disponible en version 1.0, après plusieurs années de développement.

GraphStream est née de la fusion de diverses parties logicielles développées au fil des ans par les membres de l’équipe RI2C (Réseaux d’Interactions et Intelligence Collective) du LITIS, le Laboratoire d’Informatique du Traitement de l’Information et des Systèmes. Ce projet est né du besoin de manipuler, analyser et visualiser la dynamique des réseaux d’interactions. Le but du projet est de fournir une bibliothèque logicielle répondant à ces besoins, sans fournir le logiciel final.

Rencontre sur les langages de script à l’IRILL le 1er juin 2011

Posté par (page perso) . Modéré par patrick_g.
13
11
mai
2011
Science

Le 1er juin 2011, l’IRILL (Initiative de Recherche et Innovation sur le Logiciel Libre) organise une journée de travail dédiée aux langages de script.

L’objectif principal est d’identifier un ensemble d’exemples significatifs de faiblesses et caractéristiques à améliorer. On recherche aussi pour cela des développeurs ayant des exemples intéressants de motifs de programmation qui leur sont utiles, et même nécessaires, mais pour lesquels leur langage de script favori les laisse insatisfaits, parce qu’il est trop lent ou pas assez sûr, par exemple.

Predator : un programme de reconnaissance visuelle sous GPL

Posté par . Modéré par Bruno Michel.
46
21
avr.
2011
Science

Un jeune chercheur tchèque, Zdenek Kalal, a publié récemment sur YouTube une vidéo assez impressionnante démontrant les capacités du programme de reconnaissance visuelle en temps réel qu’il a développé dans le cadre de sa thèse de doctorat soutenue à l’université du Surrey (Grande Bretagne). Depuis janvier 2011, il poursuit ses travaux à l’EPFL avec Vincent Lepetit et Pascal Fua deux professeurs français de l’université suisse.

Un point intéressant dans ce projet, outre les performances apparemment réellement surprenantes, consiste dans le choix de licence de publication. En effet, les sources sont publiées sous licence GPL, et comme Kalal le rappelle sur son site : « cela signifie que toute diffusion d’un projet contenant tout ou partie du code de OpenTLD devra se faire avec les codes sources et sous licence GPL en version 3.0 ou ultérieure. » OpenTLD (Tracking, Learning and Detection) est l’autre nom du logiciel (le nom Predator étant plus « vendeur », peut-on imaginer).

Ce choix est un exemple du fait que les licences libres ne sont pas un obstacle à la commercialisation, puisque sur la même page Kalal propose une version du même logiciel sous une licence différente ; celle-ci autorisant la réutilisation sans imposer la publication du code source. Cette licence est, quant à elle, vendue par Kalal et son université.

Narcisse logiciel de visualisation scientifique

Posté par (page perso) . Modéré par patrick_g. Licence CC by-sa
27
13
avr.
2011
Science

Narcisse, le logiciel décrit en 2002 sur LinuxFr, a été remis à la disposition des internautes avec de nouvelles cibles récentes (en particulier les Nokia N810 et N900 sous Linux Maemo) et avec quelques améliorations sur l’IHM et la documentation en ligne.

Il est disponible à l’adresse suivante : http://narcisse.nanocloud.org

Narcisse est un logiciel client/serveur conçu pour transformer des fichiers numériques simples (au format ASCII ou binaire) produits par un tableur, un programme ou écrits à la main dans un éditeur de texte, en dessins complexes 2D ou 3D.

Les fichiers de données et beaucoup d’attributs de visualisation (couleurs, taille, point de vue…) peuvent‐être gérés, soit par une interface fenêtrée, soit par programme (Fortran, C ou C++), soit par script au travers d’un réseau.

De nombreux pilotes sont fournis : Postscript, X11, OpenGL, et même SVG !

Le logiciel est disponible en open source sous licence GPL ; des binaires précompilés sont également disponibles pour des systèmes Unix, principalement Linux.

L’auteur du site est l’auteur du logiciel Narcisse.
Un couplage avec Scilab est aussi proposé.