Nous sommes heureux et fiers de vous faire part de la sortie de la version 0.5 d'OpenMOLE (Open MOdeL Experiment).

OpenMOLE est un logiciel pour le calcul scientifique et intensif ! Développé au sein de l'Institut des Systèmes Complexes (Paris), OpenMOLE est le fruit de quatre années de maturation et de confrontation aux problèmes de modélisations de chercheurs issus de nombreux domaines scientifiques (Sciences Humaines, Biologie, Physique, Géographie, Agro-alimentaire…). Il est 100% libre, 100% écrit en Scala.

Il est destiné aux modélisateurs réalisant de vastes explorations sur leurs modèles. Il permet à la fois de générer automatiquement de larges plans d'expériences (plans complets, LHS, Saltelli …) et d'exploiter la puissance d’environnement de calcul massivement parallèle type cluster ou grille de calcul. Le formalisme de workflow permet d'exprimer naturellement des traitements à accomplir en parallèle.

OpenMOLE ne requiert aucune connaissance en informatique distribuée de la part des modélisateurs. Il leur permet pourtant de réduire le temps d’exécution de leurs codes de quelques années à quelques heures.

OpenTURNS est une bibliothèque C++ libre dédiée aux statistiques et à la fiabilité, utilisable en langage Python et distribuée dans Debian.

Avec la version 1.0, elle propose la modélisation des processus stochastiques, et une meilleure compatibilité avec Python et le module Numpy.

Une petite démo en python pour voir ?

Avec ces quelques lignes je peux réaliser un lissage à noyaux sur un échantillon, réutiliser la distribution obtenue pour simuler une variable aléatoire X, que je donne à manger à une fonction réalisant un couplage pour obtenir une autre variable aléatoire Y, pour enfin évaluer la probabilité de défaillance P(Y>0.1) par un simple MonteCarlo.

from openturns import *
data = NumericalSample.ImportFromCSVFile("meteo.csv")
distribution = KernelSmoothing(Epanechnikov()).build(data)
X = RandomVector(distribution)
model = NumericalMathFunction("ageing")
Y = RandomVector(model, X)
algorithm = MonteCarlo(Event(Y, Greater(), 0.1))
algorithm.setMaximumOuterSampling(int(1e6))
algorithm.run()
print "P(Y>0.1)=", algorithm.getResult().getEventProbability()

La problématique de l'accès aux connaissances scientifiques est voisine des sujets liés au logiciel libre. Dans les deux cas le but est de supprimer des barrières purement artificielles afin de redonner du pouvoir aux utilisateurs.

Les chercheurs revendiquent le libre accès aux articles scientifiques et ils ne supportent plus la mainmise des éditeurs commerciaux qui verrouillent le marché et se comportent en parasites sans apporter de valeur ajoutée.

Le mathématicien Timothy Gowers, professeur à l'université de Cambridge, vient de lancer un appel officiel au boycott à l'encontre de l'éditeur Elsevier.

Est-ce un tournant dans ce combat crucial ?

En physique des particules, le modèle standard décrit les différentes particules existantes et leurs interactions (forte, faible et électromagnétique). Wikipédia nous rappelle que :

• la force électromagnétique s'exerce sur les particules de matière électriquement chargées ;
• la force nucléaire faible concerne seulement certains quarks et leptons ;
• la force forte s'exerce entre les quarks et assure la cohérence du noyau. Il existe des particules supports de ces forces et appelées bosons.

Le boson de Higgs est une particule hypothétique, sur laquelle repose la cohérence de ce modèle standard, et notamment le mécanisme de brisure de symétrie de l'interaction électrofaible.

Alors, entre la poire et le fromage, au bord de la crise de foie, une idée farfelue a fait son chemin : écrire des histoires scientifiques de l'année :) Bon, étant en thèse de science, ceci explique cela et rend peut-être le fait moins grave. Les images sont de l'excellent site Street Art Utopia.

Tulip 4.0 alpha 1 vient de sortir, apportant énormément de nouveautés plus instables qu'à l'accoutumée. Les seuls binaires produits sont pour Windows pour les versions alpha, les Linuxiens impatients peuvent bien sûr compiler à partir des sources.

Piqué sur le site web : Tulip is an information visualization framework dedicated to the analysis and visualization of relational data. Tulip aims to provide the developer with a complete library, supporting the design of interactive information visualization applications for relational data that can be tailored to the problems he or she is addressing.

Ce qui donne en français : Tulip est un framework de visualisation d'informations dédié à l'analyse et la visualisation de données relationnelles. Tulip fournit aux développeurs une bibliothèque complète, prenant en charge la conception d'application de visualisation interactive de données relationnelles qui peut être taillée pour les problèmes qu'il ou elle adresse.

Cette version remplace intégralement l'interface utilisateur vieillissante de Tulip par une interface simple et puissante, graphiquement inspirée de Qt Creator. La gestion de plug-ins installés a été complètement revue pour offrir une plus grande facilité d'utilisation et une bien plus grande visibilité. Une présentation en captures d'écran est disponible dans l'annonce officielle.

NdM : Tulip est sous licence LGPL.

L’équipe de développement de GraphStream a publié le 11 novembre 2011 la version 1.1 de sa bibliothèque de manipulation de graphes dynamiques. Cette nouvelle version corrige un grand nombre de bogues présents dans la 1.0 et détectés avec l’aide d’une communauté d’utilisateurs grandissante. Elle apporte aussi son lot de nouveautés, comme l’ajout de nouveaux formats d’entrée, afin de permettre une meilleure interopérabilité des outils de manipulation de graphes ou encore de nouvelles implantations de graphes plus performantes.

GraphStream est une bibliothèque Java développée sous double licence LGPL/CeCILL-C.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2011 ont été attribués le 29 septembre dernier. Rappelons qu’ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d’abord fait rire, puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• physiologie : l’absence de bâillement contagieux chez les tortues charbonnières à pattes rouges ;
• chimie : l’utilisation du wasabi par voie aérienne comme alarme en cas d’urgence ;
• psychologie : le soupir face à des problèmes apparemment insolubles ;
• médecine : l’effet sur la prise de décision d’une envie pressante d’uriner ;
• littérature : la théorie de la procrastination et comment éviter de travailler sur un sujet encore plus important ;
• biologie : les rendez‐vous à caractère sexuel entre certains insectes et certaines bouteilles de bière australienne ;
• physique : la désorientation comparée entre lanceurs de disques et de marteau ;
• paix : la résolution du problème du stationnement illégal de véhicules de luxe par compression par véhicule blindé ;
• sécurité publique : la conduite avec aveuglement intermittent ;
• mathématiques : les prédictions de fin du monde et la prudence en calcul numérique.

Comme tous les ans l'Alliance Francophone organise un challenge sur la plateforme BOINC afin de regrouper et rassembler tous les francophones sur un projet unique.

BOINC, pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing est une plateforme libre de calcul distribué en grille ne cessant de croître et de devenir populaire.
Celle-ci permet à de nombreux scientifiques d’avoir accès à une puissance de calcul importante et cela gracieusement.

J'ai rédigé via le wiki educalibre de l'April un compte-rendu d'une conférence EDF R&D du 7 juillet dernier « R&D industrielle d'expertise et open source : un avenir commun ? ». On m'a dit que c'était quasi la première fois qu'un industriel (dont le cœur de métier n'est pas l'informatique donc) affirmait ainsi les bénéfices qu'il tirait de l'Open-source. Je me dis que ça pourrait en intéresser quelques-uns, si jamais vous avez d'autres exemples du genre, ça m'intéresse, merci, bon été !

Tulip, le logiciel de visualisation et d'édition de grands graphes, est disponible en version 3.6.0. La licence utilisée est la LGPL.

Cette version mineure apporte des correctifs et des améliorations d'ergonomie avant le grand saut vers la version 4.

OpenTURNS est une bibliothèque libre dédiée aux statistiques et à la fiabilité, utilisable en langage Python et distribuée dans Debian.

Elle peut être considérée comme une alternative plus moderne au language R (des algorithmes très récents sont mis en œuvre pour le calcul de certains quantiles, par exemple), même si la partie « statistiques » n’est limitée qu’à une gestion de la partie « fiabilité », et orientée objet. Sur la partie purement statistique, on retrouve donc les outils classiques : estimation de distribution, corrélations, analyse de sensibilité, tests statistiques, estimation par noyau, … Mais en introduisant la notion originale de copules qui permettent de modéliser la dépendance.

Pour la partie fiabilité, là aussi, on retrouve des algorithmes classiques, propagation par carré latin, séquences quasi‐aléatoires, simulations directionnelles, FORM / SORM (First / Second Order Reliability Method), calcul de facteurs d’importance, des surfaces de réponses par chaos polynomial, … Cette fois‐ci, l’aspect novateur réside dans le fait que la bibliothèque fait le plus possible de calculs analytiques en imposant un modèle de données basé sur les distributions et non les échantillons, comme le font certains autres outils (NumPy, R).

Dans sa version 0.14.0, elle propose de nouvelles lois de distribution, une interface Python plus souple, une simplification du mécanisme de couplage à des codes externes, la différentiation automatique des formules analytiques, du multithreading et une infrastructure [[CMake]].

Le projet Quantum GIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 1.7.0 de son logiciel de SIG libre ! L’engouement autour de cet outil ne cesse d’augmenter, ainsi la version précédente 1.6 a été téléchargée 190 000 fois.

Cette version est nommée d’après la ville de Wrocław en Pologne. C’est une manière de remercier le département de climatologie et de protection atmosphérique qui a accueilli notre rencontre de contributeurs en novembre 2010.

Pour rappel, un Système d’Information Géographique (SIG) permet d’éditer et de consulter un ensemble de données dans un espace de coordonnées. Cela va de la simple composition de cartes de randonnées, aux analyses de terrain avancées, telles que l’estimation de la durée d’ensoleillement d’une parcelle ou de l’interpolation d’un horizon géologique.

Au pays des scientifiques (entreprises & labos), en plus de la « taxe Microsoft » (Windows + MS Office), s’ajoute souvent la « taxe MATLAB » (employé comme grosse calculatrice graphique programmable…). Pourtant, dans ce milieu, les geeks ne sont pas rares. Continuons à porter la bonne parole : il existe des alternatives très valables, à choisir selon ses priorités !

Petit tour des candidats et leurs mises à jour dans la seconde partie de la dépêche.

Venez découvrir, apprendre et échanger sur les capacités du logiciel libre et gratuit de calcul numérique Scilab, le mercredi 29 juin de 9h30 à 17 h 15 à l’École Polytechnique (France, Essonne, Palaiseau).

ArcelorMittal, Sirehna et Valeo, qui ont répondu présents à ce rendez‐vous, expliqueront pourquoi ils utilisent Scilab, dans quel cadre et sur quelles applications.

Des ateliers techniques sur des thèmes plébiscités par les utilisateurs de Scilab seront animés par l’équipe R&D du Consortium Scilab.

Consultez le programme détaillé de la journée et inscrivez‐vous gratuitement en ligne >>.

GraphStream, la bibliothèque logicielle en Java de manipulation de graphes dynamiques, est disponible en version 1.0, après plusieurs années de développement.

GraphStream est née de la fusion de diverses parties logicielles développées au fil des ans par les membres de l’équipe RI2C (Réseaux d’Interactions et Intelligence Collective) du LITIS, le Laboratoire d’Informatique du Traitement de l’Information et des Systèmes. Ce projet est né du besoin de manipuler, analyser et visualiser la dynamique des réseaux d’interactions. Le but du projet est de fournir une bibliothèque logicielle répondant à ces besoins, sans fournir le logiciel final.

Le 1er juin 2011, l’IRILL (Initiative de Recherche et Innovation sur le Logiciel Libre) organise une journée de travail dédiée aux langages de script.

L’objectif principal est d’identifier un ensemble d’exemples significatifs de faiblesses et caractéristiques à améliorer. On recherche aussi pour cela des développeurs ayant des exemples intéressants de motifs de programmation qui leur sont utiles, et même nécessaires, mais pour lesquels leur langage de script favori les laisse insatisfaits, parce qu’il est trop lent ou pas assez sûr, par exemple.

Un jeune chercheur tchèque, Zdenek Kalal, a publié récemment sur YouTube une vidéo assez impressionnante démontrant les capacités du programme de reconnaissance visuelle en temps réel qu’il a développé dans le cadre de sa thèse de doctorat soutenue à l’université du Surrey (Grande Bretagne). Depuis janvier 2011, il poursuit ses travaux à l’EPFL avec Vincent Lepetit et Pascal Fua deux professeurs français de l’université suisse.

Un point intéressant dans ce projet, outre les performances apparemment réellement surprenantes, consiste dans le choix de licence de publication. En effet, les sources sont publiées sous licence GPL, et comme Kalal le rappelle sur son site : « cela signifie que toute diffusion d’un projet contenant tout ou partie du code de OpenTLD devra se faire avec les codes sources et sous licence GPL en version 3.0 ou ultérieure. » OpenTLD (Tracking, Learning and Detection) est l’autre nom du logiciel (le nom Predator étant plus « vendeur », peut-on imaginer).

Ce choix est un exemple du fait que les licences libres ne sont pas un obstacle à la commercialisation, puisque sur la même page Kalal propose une version du même logiciel sous une licence différente ; celle-ci autorisant la réutilisation sans imposer la publication du code source. Cette licence est, quant à elle, vendue par Kalal et son université.

Narcisse, le logiciel décrit en 2002 sur LinuxFr, a été remis à la disposition des internautes avec de nouvelles cibles récentes (en particulier les Nokia N810 et N900 sous Linux Maemo) et avec quelques améliorations sur l’IHM et la documentation en ligne.

Il est disponible à l’adresse suivante : http://narcisse.nanocloud.org

Narcisse est un logiciel client/serveur conçu pour transformer des fichiers numériques simples (au format ASCII ou binaire) produits par un tableur, un programme ou écrits à la main dans un éditeur de texte, en dessins complexes 2D ou 3D.

Les fichiers de données et beaucoup d’attributs de visualisation (couleurs, taille, point de vue…) peuvent‐être gérés, soit par une interface fenêtrée, soit par programme (Fortran, C ou C++), soit par script au travers d’un réseau.

De nombreux pilotes sont fournis : Postscript, X11, OpenGL, et même SVG !

Le logiciel est disponible en open source sous licence GPL ; des binaires précompilés sont également disponibles pour des systèmes Unix, principalement Linux.

L’auteur du site est l’auteur du logiciel Narcisse.
Un couplage avec Scilab est aussi proposé.

Tulip, le logiciel de visualisation et d’édition de graphes développé par une équipe du LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique), est disponible en version 3.5.0.

Cette version apporte des nouveautés importantes, des améliorations de l’interface graphique et corrige un certain nombre de bogues.

La suite de cette annonce est une traduction de l’annonce officielle.

N. D. M. : Tulip est sous licence LGPL.

L'équipe de développement de l'Atelier SIG (IRSTV FR CNRS 2488) est heureuse de vous annoncer la sortie de la dernière version stable de son système d'information géographique : OrbisGIS 3.0 « Barcelona ».

OrbisGIS est un système d'information géographique libre et gratuit, multi-plate-forme, développé en Java. Il est particulièrement dédié à l'analyse scientifique de données géographiques. Les manipulations sont réalisées grâce à des scripts SQL et/ou BeanShell.

Pymecavideo :

• C'est un logiciel sous licence GPLv3 développé avec Python et Qt4 qui permet d'ouvrir des vidéos et d'en pointer certains points pour en extraire les coordonnées.
  
• se veut un remplaçant libre et multi-plateformes de Regavi ou Avimeca.
  
• est utilisé par des professeurs de physique dans les lycées pour étudier les changements de référentiels ou certaines lois du mouvement.

Un de ses points forts est l'ergonomie et la rapidité de prise en main.

Pymecavideo vient de fêter son 300e commit depuis qu'il est chez Tuxfamily \o/ !

Avec quelques mois de retard (un ou deux pas plus), nous avons le plaisir de vous informer de la mise à jour d'un projet déjà paru ici il y a quelques années.

• CAElinux
  distribution Linux basée sur Ubuntu 10.04 LTS 64bit pour la Conception Assistée par Ordinateur (CAO), orientée mécanique et thermique
  
• Salome-meca outil de 3D pre-/ post / FE processing

La quatrième Open Access Week, ou semaine de la publication à accès ouvert, a été lancée le lundi 18 octobre. Il s'agit d'une initiative devenue extrêmement populaire en très peu de temps : ce type de diffusion des résultats de la recherche scientifique a réussi à se frayer un chemin, balayant le préjugé que "publier dans un journal Open access est moins prestigieux que les autres". Et cela ne fait que commencer. Voici un petit regard en arrière.

Tout le monde en parle : dans un article publié il y a quelques jours dans la revue Genome BIology, deux chercheurs de l'Université du Maryland ont créé un programme pouvant identifier 68 mutations associées avec une susceptibilité accrue aux cancers du sein et des ovaires. Jusqu'ici, rien de spectaculaire : il y a un tas de geeks qui écrivent des programmes extras. Celui-ci est tout de même un peu spécial : comme je l'avais relaté il y a quelques mois, la bataille juridique autour des brevets accordés à l'entreprise Myriad Genetics pour la possession et exploitation exclusive des séquences des gènes incriminés fait rage. Voilà que ce programme (libre) présente un do-it-yourself (« faites-le-vous-mêmes ») test génétique et ce, sans avoir peur de brevets.