J'ai rédigé via le wiki educalibre de l'April un compte-rendu d'une conférence EDF R&D du 7 juillet dernier « R&D industrielle d'expertise et open source : un avenir commun ? ». On m'a dit que c'était quasi la première fois qu'un industriel (dont le cœur de métier n'est pas l'informatique donc) affirmait ainsi les bénéfices qu'il tirait de l'Open-source. Je me dis que ça pourrait en intéresser quelques-uns, si jamais vous avez d'autres exemples du genre, ça m'intéresse, merci, bon été !

Quelques nouvelles du monde des systèmes d’information géographique (SIG), qui, d’après le Wikipédia francophone « est un système d’information permettant de créer, d’organiser et de présenter des données alphanumériques spatialement référencées, autrement dit, géoréférencées, ainsi que de produire des plans et des cartes ».

Retrouvez dans la seconde partie de la dépêche les annonces des nouvelles versions (Geotools, OSGeo-Live, Mapnik, PostGIS), les services (OpenWeatherMap, OpenSeaMap), les événements (pas de FOSS4G2012, OGRS2012) et les avancées de l’été côté code.

Les prix Ig Nobel (jeu de mot sur ignoble et Nobel) 2010 ont été attribués le 30 septembre dernier. Rappelons qu'ils récompensent des publications ou des travaux scientifiques qui font des recherches inusuelles et imaginatives. Les vainqueurs ont tous fait des choses qui ont d'abord fait rire puis réfléchir les gens.

Liste des prix :

• Management : de la promotion aléatoire pour gagner en efficacité dans une entreprise
  
• Ingénierie : collecte de mucus et gaz de baleines par hélicoptère
  
• Physique : port de chaussettes sur chaussures pour éviter les chutes sur sol gelé
  
• Biologie : fellation chez les chauves souris
  
• Paix : le juron pour mieux tolérer la douleur
  
• Santé : des microbes dans les poils des scientifiques qui les manipulent
  
• Transport : du fin stratège myxomycète physarum polycephalum pour l'organisation du transport
  
• Économie : Goldman Sachs, AIG, Lehman Brothers, Bear Stearns, Merrill Lynch et Magnetar pour avoir « créé et promu de nouvelles manières d'investir de l'argent en maximisant les gains financiers et en minimisant le risque pour l’économie mondiale, ou une portion de celle-ci »
  
• Médecine : influence des montagnes russes sur l’asthme
  
• Chimie : 3 chercheurs américains et la compagnie pétrolière BP pour avoir montré que l’eau et l’huile sont miscibles
  

Ces prix sont évoqués depuis plusieurs années sur LinuxFr.org (2001, 2002, 2004, 2005, 2006, 2008, etc.). Et puis ça change des Prix FSF du logiciel libre (Awards for the Advancement of Free Software) (2001 et 2001, 2002, 2005, 2008, John Gilmore et Internet Archive en 2009, etc.) ou même des plus pessimistes Big Brother Awards (2000, 2001 et 2001, 2002, 2003, 2005, 2007, 2009, 2010/ etc.) ou Darwin Awards.

GraphStream, la bibliothèque logicielle en Java de manipulation de graphes dynamiques, est disponible en version 1.0, après plusieurs années de développement.

GraphStream est née de la fusion de diverses parties logicielles développées au fil des ans par les membres de l’équipe RI2C (Réseaux d’Interactions et Intelligence Collective) du LITIS, le Laboratoire d’Informatique du Traitement de l’Information et des Systèmes. Ce projet est né du besoin de manipuler, analyser et visualiser la dynamique des réseaux d’interactions. Le but du projet est de fournir une bibliothèque logicielle répondant à ces besoins, sans fournir le logiciel final.

Le 1^er octobre 2012, la version 5.4.0 de Scilab a été publiée.

Scilab est un logiciel libre et open source de calcul numérique. D’après Wikipédia : « Scilab (prononciation : [sajlab] contraction de Scientific Laboratory en anglais) est un logiciel libre de calcul numérique multi‐plate‐forme fournissant un environnement de calcul pour des applications scientifiques. Il possède un langage de programmation orienté calcul numérique de haut niveau. Il peut être utilisé pour le traitement du signal, l’analyse statistique, le traitement d’images, les simulations de dynamique des fluides, l’optimisation numérique, et la modélisation et simulation de systèmes dynamiques explicites et implicites.
Il est disponible pour Windows, Mac OS X, GNU/Linux et BSD. »

La version 5.4.0 est une évolution majeure de Scilab, à la fois d’un point de vue technique et fonctionnel, mais aussi parce qu’elle a été développée et publiée — pour la première fois — par une société privée, issue de l’Inria et du Consortium Scilab, Scilab Enterprises.

Bonjour à tous,

Nous sommes heureux d’annoncer la sortie du Topology ToolKit (TTK), une bibliothèque libre (licence BSD) pour l’analyse topologique de données en visualisation scientifique.
TTK rend l’analyse topologique de données accessible aux utilisateurs finals grâce à des greffons faciles à utiliser pour la plate‐forme de visualisation ParaView. Grâce à ParaView, TTK prend en charge de nombreux formats de fichiers.

Tulip est un logiciel d'édition et de visualisation de graphes assez puissant, très stable et surtout capable de gérer des graphes très volumineux. Sa version 3.4.0 apporte de nombreuses nouveautés, des optimisations, mais elle est surtout l'occasion de faire le point sur ce logiciel un peu méconnu. En effet, certains logiciels plus jeunes et parfois moins puissants sont plus en avant de la scène aujourd'hui.

Pour permettre à Tulip d'obtenir l'attention qu'il mérite, voici une description plus détaillée du logiciel.

Le Deuxième Plan national pour la science ouverte a été publié récemment par le Ministère de la Recherche.

Parmi les quatre axes d’action de ce plan, qui sont par ailleurs tous intéressants, on note en particulier l’axe 3 : « Ouvrir et promouvoir les codes sources produits par la recherche », avec les mesures suivantes :

• valoriser et soutenir la diffusion sous licence libre des codes sources issus de recherches financées sur fonds publics ;
• mettre en valeur la production des codes sources de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation ;
• définir et promouvoir une politique en matière de logiciel libre.

Le document met en particulier en exergue les deux éléments suivants :

• L’ouverture des codes source des logiciels est un enjeu majeur de reproductibilité des résultats scientifiques.
• La diffusion des productions logicielles sous licence libre sera privilégiée.

Narcisse, le logiciel décrit en 2002 sur LinuxFr, a été remis à la disposition des internautes avec de nouvelles cibles récentes (en particulier les Nokia N810 et N900 sous Linux Maemo) et avec quelques améliorations sur l’IHM et la documentation en ligne.

Il est disponible à l’adresse suivante : http://narcisse.nanocloud.org

Narcisse est un logiciel client/serveur conçu pour transformer des fichiers numériques simples (au format ASCII ou binaire) produits par un tableur, un programme ou écrits à la main dans un éditeur de texte, en dessins complexes 2D ou 3D.

Les fichiers de données et beaucoup d’attributs de visualisation (couleurs, taille, point de vue…) peuvent‐être gérés, soit par une interface fenêtrée, soit par programme (Fortran, C ou C++), soit par script au travers d’un réseau.

De nombreux pilotes sont fournis : Postscript, X11, OpenGL, et même SVG !

Le logiciel est disponible en open source sous licence GPL ; des binaires précompilés sont également disponibles pour des systèmes Unix, principalement Linux.

L’auteur du site est l’auteur du logiciel Narcisse.
Un couplage avec Scilab est aussi proposé.

Le journal, origine de cette dépêche est paru le huit mars. Il a été écrit pour cette journée internationale des droits des femmes et il a fait l’objet d’une demande de dépêche. La dépêche est abondée d’une partie sur les femmes dans la « Tech » et d’un paragraphe sur les droits familiaux et patrimoniaux oubliés dans le journal. Les liens sont classés.

On y décrit le parcours difficile des femmes de science vers les études, on explique la nécessité des associations scientifiques féminines, on évoque leur position dans la « Tech » et tout ceci se termine par une définition et une histoire du féminisme et des avancées en matière d’égalité en France.

L'équipe ROOT a annoncé la sortie de la version 6.0 le 29 mai dernier. ROOT est un framework d'analyse de données très utilisé dans le domaine de la physique des particules et de la physique nucléaire. Les versions 6.00/01 et 6.00/02 sorties respectivement le 18 juin et le 3 juillet apportent des corrections à cette version 6.0.

Quatre chercheurs ont co-écrit un article analysant la vulgarisation scientifique en français sur Youtube, publié dans Frontiers in Communication en avril 2021.

Tania Louis (« médiatrice scientifique et conceptrice de contenus pédagogiques », docteure en biologie), Pierre Masselot (« BSc MSc PhD Research Fellow in Environmental Epidemiology and Statistics »), Tobias Füchslin (« Senior Researcher and Coordinator at the Swiss Academies of Arts and Sciences ») et Stéphane Debove (« docteur en biologie/psychologie de l’évolution » ou Homo Fabulus) ont « analysé plus de 600 chaînes et 70 000 vidéos de vulgarisation scientifique en français, et complété cette analyse par un sondage auprès de 180 youtubeurs. »

Le 3 avril 2017, l’INRIA et l’UNESCO ont acté une convention autour du projet Software Heritage pour assurer la préservation du patrimoine logiciel. La signature a eu lieu en présence d’Irina Bokova, directrice générale de l’UNESCO, de François Hollande, président de la République française et d’Antoine Petit, président directeur général de l’INRIA.

Software Heritage a pour but de collecter, d’archiver et de rendre disponible les codes sources accessibles publiquement (pas forcément des codes sous licence libre donc, mais notamment tous ceux sous licence libre). La plate‐forme Software Heritage a été lancée en juin 2016 (voir ce journal), après un an et demi de développement. Elle contenait alors 22 millions de logiciels. Les objectifs de préservation et de partage de ce patrimoine logiciel mentionnent les aspects culturel, industriel, éducatif, scientifique et de recherche.

Lors d’une conférence au FOSDEM 2017, en février, il était question de plus de 45 millions de logiciels.

Elle contient désormais 55 millions de projets logiciels, avec plus de trois milliards de fichiers source uniques (notamment les projets Debian et GNU, ainsi que GitHub), ce qui en fait la plus grande archive de code de la planète.

Si les projets hébergés ne sont pas tous libres, l’ensemble du code de l’infrastructure est lui développé sous licence libre, via la forge du projet (une instance de phabricator).

Le projet Quantum GIS a l’immense plaisir de vous annoncer la publication de la version 1.7.0 de son logiciel de SIG libre ! L’engouement autour de cet outil ne cesse d’augmenter, ainsi la version précédente 1.6 a été téléchargée 190 000 fois.

Cette version est nommée d’après la ville de Wrocław en Pologne. C’est une manière de remercier le département de climatologie et de protection atmosphérique qui a accueilli notre rencontre de contributeurs en novembre 2010.

Pour rappel, un Système d’Information Géographique (SIG) permet d’éditer et de consulter un ensemble de données dans un espace de coordonnées. Cela va de la simple composition de cartes de randonnées, aux analyses de terrain avancées, telles que l’estimation de la durée d’ensoleillement d’une parcelle ou de l’interpolation d’un horizon géologique.

Comme tous les ans l'Alliance Francophone organise un challenge sur la plateforme BOINC afin de regrouper et rassembler tous les francophones sur un projet unique.

BOINC, pour Berkeley Open Infrastructure for Network Computing est une plateforme libre de calcul distribué en grille ne cessant de croître et de devenir populaire.
Celle-ci permet à de nombreux scientifiques d’avoir accès à une puissance de calcul importante et cela gracieusement.

Celestia est un logiciel multiplate-forme libre (sous licence GPL) qui permet de simuler et d'observer le ciel avec une grande qualité de visualisation.

La version 1.6.0 est sortie il y a quelques jours et c'est une bonne occasion pour faire le point sur le logiciel et pour parler des nouveautés

Un petit billet pour parler un peu de très récents développements scientifiques dans la recherche sur l'évolution culturelle de l'espèce humaine et les conclusions intéressantes qui en ressortent.
L'essentiel : copier les actions de quelqu'un dans le cadre de la résolution d'un problème est plus efficace que ré-inventer la roue seul dans son coin.

Le 9 juillet 2010, Microsoft a annoncé la sortie d'une boîte à outils informatiques pour la biologie et plus spécialement pour les analyses de génomes. Une présentation officielle semble également avoir été faite lors de la conférence de la Société Internationale de Bioinformatique (International Society for Computational Biology, ISCB), qui s'est tenue du 9 au 13 juillet 2010 à Boston. Selon la page officielle, la suite logicielle est sous licence dite libre.

Dans la suite de la dépêche, les détails, le diable, toussa.

La dernière mouture d’OpenMOLE, répondant au doux nom de code Crazy Coconut (version 0.6), est arrivée. Grâce à un mode de développement AGILE, nous vous livrons en effet tous les deux mois les primeurs de la plus célèbre des plates‐formes TAUPE.

Pour rappel OpenMOLE (Open MOdeL Experiment), met à profit les environnements de calcul intensif pour l’expérimentation sur les modèles et permet aux modélisateurs de concevoir des workflows d’étude pour des modèles de simulation. Pour ce faire, l’utilisateur embarque son modèle (en Java / Scala / C / C++ / Fortran / Scilab / GNU Octave / NetLogo…) dans la plate‐forme, puis il conçoit l’étude qu’il souhaite en faire et spécifie l’environnement de calcul auquel il souhaite déléguer la charge de travail.

Tulip, le logiciel de visualisation et d'édition de grands graphes, est disponible en version 3.6.0. La licence utilisée est la LGPL.

Cette version mineure apporte des correctifs et des améliorations d'ergonomie avant le grand saut vers la version 4.

Pymecavideo :

• C'est un logiciel sous licence GPLv3 développé avec Python et Qt4 qui permet d'ouvrir des vidéos et d'en pointer certains points pour en extraire les coordonnées.
  
• se veut un remplaçant libre et multi-plateformes de Regavi ou Avimeca.
  
• est utilisé par des professeurs de physique dans les lycées pour étudier les changements de référentiels ou certaines lois du mouvement.

Un de ses points forts est l'ergonomie et la rapidité de prise en main.

Pymecavideo vient de fêter son 300e commit depuis qu'il est chez Tuxfamily \o/ !

OpenTURNS est une bibliothèque libre dédiée aux statistiques et à la fiabilité, utilisable en langage Python et distribuée dans Debian.

Elle peut être considérée comme une alternative plus moderne au language R (des algorithmes très récents sont mis en œuvre pour le calcul de certains quantiles, par exemple), même si la partie « statistiques » n’est limitée qu’à une gestion de la partie « fiabilité », et orientée objet. Sur la partie purement statistique, on retrouve donc les outils classiques : estimation de distribution, corrélations, analyse de sensibilité, tests statistiques, estimation par noyau, … Mais en introduisant la notion originale de copules qui permettent de modéliser la dépendance.

Pour la partie fiabilité, là aussi, on retrouve des algorithmes classiques, propagation par carré latin, séquences quasi‐aléatoires, simulations directionnelles, FORM / SORM (First / Second Order Reliability Method), calcul de facteurs d’importance, des surfaces de réponses par chaos polynomial, … Cette fois‐ci, l’aspect novateur réside dans le fait que la bibliothèque fait le plus possible de calculs analytiques en imposant un modèle de données basé sur les distributions et non les échantillons, comme le font certains autres outils (NumPy, R).

Dans sa version 0.14.0, elle propose de nouvelles lois de distribution, une interface Python plus souple, une simplification du mécanisme de couplage à des codes externes, la différentiation automatique des formules analytiques, du multithreading et une infrastructure [[CMake]].

La Société Informatique de France (SIF) a fêté ses dix ans en mai 2022, quatre ans après avoir été reconnue d’utilité publique (Journal officiel du 4 septembre 2018). Cette société savante vise à rassembler toutes celles et ceux dont l’informatique est le métier ou la passion pour promouvoir l’informatique au niveau de l’enseignement, de la recherche et de la culture des citoyens et citoyennes, s’intéresser à la formation et l’emploi des informaticiens et informaticiennes, participer aux débats de société, etc.

L'avantage des smartphones et tablettes, c'est que l'on peut les avoir sur soi, encore plus que les netbooks. Ci-dessous quelques exemples d'applications en rapport avec les sciences.

Ces applications sont disponibles sur le dépôt f-droid, car elles sont libres.

Bonjour,

Dans le cadre du projet OLKi de l’Université de Lorraine, j’ai rédigé avec l’aide de Christophe Cerisara (directeur du laboratoire de TAL au LORIA) une charte sur le développement des Intelligences Artificielles (IA) respectueuses de la vie privée dès la conception (disponible sur HAL)

Cette charte a fait l’objet d’un colloque qui a été ensuite présenté dans un billet récent du Blog Binaire.

Nous pensons que le respect de la vie privée dans le développement des IAs constitue un défi pour la perspective libriste, dans la mesure où l’ouverture des modèles peut permettre des violations de la vie privée et de la protection des données personnelles, qui peuvent parfois être reconstituées à partir des paramètres du modèle.

Nous espérons vivement un retour des développeurs et développeuses libristes. Cette charte n’est pas tant faite pour collecter des signatures que pour lancer un débat nécessaire sur le respect de la vie privée dans le développement des IAs, et sa très difficile opérationnalisation.

Au plaisir de lire vos retours,

Maël Pégny
Postdoc AI Ethics
Carl Friedrich von Weiszäcker Zentrum.
Universität Tübingen